Mercury nació en la isla de Zanzíbar (Tanzania) el 5 de septiembre de 1946.

Sus padres, Bomi y Jer Bulsara... eran parsis de la región de Gujarat, parte de la Presidencia de Bombay en la India Británica. El apellido de la familia se deriva de la ciudad de Bulsar (conocida también como Valsad), en el sur de Gujarat. Como los parsis, Freddie Mercury practicaba la religión zoroástrica y estaba orgulloso de su ascendencia persa. La familia Bulsara se había mudado a Zanzíbar debido a una orden recibida por su padre en su trabajo como diplomático. Mercury tenía una hermana menor, llamada Kashmira.

En 1954, a la edad de ocho años, fue enviado a estudiar al St. Peter's School, un internado para varones en Pachgani, cerca de Mumbai, en la India. En dicho colegio, formó parte de una banda llamada The Hectics, donde tocaba el piano. Un amigo suyo de aquella época decía que el cantante tenía "una increíble habilidad para escuchar la radio y reproducir las melodías en el piano". Fue también en St. Peter's donde empezó a ser más conocido como Freddie. Mercury pasó en la India la mayor parte de su infancia, viviendo con su abuela y su tía. Terminó su educación en St. Mary's School, en Mumbai.

A los 17 años, Mercury y su familia huyeron de Zanzíbar por razones de seguridad debido a la Revolución de Zanzíbar. La familia se mudó a una pequeña casa en Feltham (Middlesex, Inglaterra). Mercury se inscribió en la universidad de West Thames, donde estudió arte. Recibió allí un diploma en Diseño Gráfico y más adelante usaría su habilidad para crear el logotipo de Queen. Mercury permaneció radicado en Inglaterra durante el resto de su vida.

Luego de su graduación, Mercury integró una serie de bandas y solía vender ropa de segunda mano en el Kensington Market en Londres. Además tuvo un trabajo en el Aeropuerto Heathrow. Sus amigos de la época lo caracterizaron como una persona tímida y tranquila que tenía mucho interés por la música. En 1969, participó en la banda Ibex, que sería renombrada Wreckage más adelante. Cuando esta banda se disolvió, formó otra llamada Sour Milk Sea. Sin embargo, dicho grupo se disolvió a mediados de 1970.

En abril de 1970, Mercury conoció al guitarrista Brian May y al batería Roger Taylor, quienes previamente habían estado en una banda llamada Smile. Pese a las reservas de los otros miembros, Mercury eligió el nombre "Queen" para la nueva banda. Luego diría sobre esto: "Estaba prevenido sobre las connotaciones gay, pero eso es sólo una faceta del nombre".En aquel tiempo, también cambió su apellido a Mercury, debido a que según sus propias palabras, en la canción "My Fairy King", en el verso "Mother Mercury, look what the've done to me",  cantaba sobre su propia madre. Consideraba que el nombre "Freddie Mercury" tenía "poder".
Vida personal

A principio de la década de 1970, Mercury tuvo una relación de larga duración con Mary Austin, a quien conoció gracias a Brian May y vivió con ella muchos años en West Kensington. A mediados de dicha década, el cantante tuvo un encuentro amoroso con un ejecutivo de la compañía Elektra, que acabó con la relación que tenía con Austin. Mercury y Austin mantuvieron una cercana amistad a lo largo de los años y el cantante se refería a ella como su única amiga de verdad. En una entrevista de 1985, afirmó: "Todos mis amantes me preguntan por qué no puedo reemplazar a Mary [Austin], pero eso es sencillamente imposible. La única amiga que tengo es Mary y no quiero a nadie más. Para mí, ella es como una esposa. Para mí era como un matrimonio. Confiamos en el otro, eso me basta".Escribió muchas canciones sobre Austin, entre las cuales se destaca "Love of My Life". Mercury fue además el padrino del hijo mayor de Austin, Richard.

Hacia el año 1985, Mercury inició otra relación de larga duración con un peluquero llamado Jim Hutton, que descubrió en 1990 que era portador del virus VIH y vivió con Mercury los últimos seis años de la vida de éste. Hutton falleció de cáncer de pulmón el 1 de enero de 2010.

Pese a haber cultivado una personalidad muy extravagante, Mercury era una persona tímida y reservada, especialmente con los que no conocía bien. Además solía dar pocas entrevistas. Una vez dijo de sí mismo: "Cuando estoy en el escenario soy muy extrovertido, pero por dentro soy completamente diferente".
Muerte

Según su pareja, Jim Hutton, a Mercury le diagnosticaron SIDA después de la Pascua de 1987. Por aquella época, Mercury dijo en una entrevista no padecer esta enfermedad. Pese a estas negaciones, la prensa británica alimentó rumores sobre esta posible enfermedad debido a la apariencia de Mercury y a que Queen no realizaba giras ni conciertos. Hacia el final de su vida, muchos periodistas le tomaron fotografías, mientras que The Sun sugería que estaba realmente muy enfermo.

El 22 de noviembre de 1991, Mercury llamó al mánager de Queen Jim Beach para discutir un asunto público. Al día siguiente, se realizó el siguiente anuncio en nombre del cantante:
Siguiendo la enorme conjetura de la prensa de las últimas dos semanas, es mi deseo confirmar que padezco SIDA. Sentí que era correcto mantener esta información en privado hasta el día de la fecha para proteger la privacidad de los que me rodean. Sin embargo, ha llegado la hora de que mis amigos y seguidores conozcan la verdad y espero que todos se unan a mí y a mis médicos para combatir esta terrible enfermedad. Mi privacidad ha sido siempre muy importante para mí y soy famoso por prácticamente no dar entrevistas. Esta política continuará.

Al poco tiempo de haber redactado este informe, Mercury murió el 24 de noviembre de 1991 a la edad de 45 años. La causa oficial de su muerte es bronconeumonía complicada por el SIDA. Pese a que no era una persona religiosa, su funeral fue dirigido por un sacerdote zoroástrico. Elton John, David Bowie y los miembros de Queen estuvieron presentes. Mercury fue cremado y sus cenizas reposan en alguna locación aún desconocida. Se rumorea que fueron esparcidas por Mary Austin a lo largo del Lago Lemán en Suiza, donde Mercury vivió sus últimos años y donde se halla su monumento conmemorativo, concretamente en la ciudad de Montreux. También se dice que reposan a los pies del enorme roble que corona el jardín de lo que fue su residencia Garden Lodge, en Kensington, así como también repartida entre varios teatros londinenses; ninguna de estas afirmaciones han podido ser comprobadas hasta el día de hoy.

En su testamento, Mercury legó la mayoría de sus bienes, incluyendo su casa y los derechos de autor sobre sus canciones, a Mary Austin, y el resto a sus parientes y a su hermana Kashmira. Además dejó quinientas mil libras para su cocinero Joe Fanelli y la misma suma para su asistente Peter Freestone y Jim Hutton, y cien mil para su chofer Terry Giddings.Mary Austin continúa viviendo en la casa de Mercury, llamada Garden Lodge, en Kensington con su familia. Hutton se mudó a Irlanda en 1995, donde murió el 1 de enero de 2010. Escribió algunos libros sobre la vida de su pareja, entre ellos Mercury and Me y Freddie Mercury: The Untold Story y dio diversas entrevistas para varias publicaciones.